Kolegium w Kaliszu powstało z fundacji prymasa Stanisława Karnkowskiego. Ofiarował on przyległą do kolegiaty kamienicę, zakupił place, domy i ogrody pod przyszłe kolegium i dokumentem erekcyjnym z 1584 (drugim z kolei) zapisał kolegium wsie biskupie: Kokanin, Lisków, Sławno i Żychów. W l. 1611-22 roczny dochód kolegium wynosił 5200 złp. Później był znacznie wyższy. Pochodził on z majątków, kamienic w mieście oraz z procentów od zastawionych sum. Do uposażenia kolegium należały w różnych okresach następujące majątki: Bochlewo, Borków, Chrustów, Dobrzecz, Kokanin, Kościelec, Lisków, Lubomierz, Lychowo, Łęka, Marchwacz, Mazów, Ośmiany, Pawłówek, Piniew, Romartów, Sierzchów, Skarszew, Sławno, Sowino, Stanowo, Stropieszyn, Szkurłaty, Świniec, Taczanów, Tarczewo, Tokarki, Wełna, Zawodzie, Żychów i Żydowo.
Kolegium umieszczono początkowo w domu arcybiskupim. Osobny gmach zbudowano w l. 1586-91, następnie wzniesiono jednopiętrowe skrzydło łączące kolegium z zakrystią 1591-96. Później kolegium kilkakrotnie przebudowywano. Po kasacie zakonu szkoły przeniesiono do budynku kolegium, a w 1788 umieszczono w nim również konwikt szlachecki z konwiktorami.
Kościół pod wezwaniem Św. Wojciecha i Św. Stanisława Biskupa, pierwszy kościół niegotycki na terenie Wielkopolski, o wielu elementach nowatorskich, barokowych, zbudowano w l. 1592-97. Pracowali przy nim jezuiccy architekci Jan Maria Bernardoni i Józef Brizio. W 1638 ukończono kaplicę Szyszkowskich z ołtarzem Matki Boskiej Bolesnej, która miała zatrudnionego księdza i muzyków opłacanych przez kolegium. Ołtarz główny obecnie istniejący z 1715, dwa ołtarze boczne sprzed 1617, cztery z lat 1617-34 z drewna, zamienione potem na murowane. W 1751 było 6, a w 1782-8 ołtarzy murowanych. Po kasacie zakonu kościół szkolny, potem garnizonowy. Cudowny obraz Matki Boskiej Borgiaszowej znajduje się obecnie w kościele pobernardyńskim.
Kongregacja Mariańska uczniów od 1586, podzielona w 1599 na trzy (maior, media, minor). Kongregacja mieszczan (civium) Nawiedzenia NMP zatwierdzona w 1605 przez pap. Pawła V. Kongr. rzemieślników (artificum) Narodzenia NMP od 1627. Kongregacja Matki Boskiej Wspomożycielki (Auxiliatrix) z fundacji Apolonii Kamińskiej, kasztelanowej rogozińskiej, od 1733. Bractwo Dobrej Śmierci co najmniej od 1692. Bractwo Opatrzności Boskiej od 1731. Bractwo Najsłodszego Serca Jezusowego co najmniej od 1735. W chwili kasaty było przy kościele 9 stowarzyszeń. Stacje misyjne w Bochlewie, Broniszewiczach, Kokaninie, Kościelcu, Skarszewie i Taczanowie.
Szkoły otwarto we wrześniu 1584. Wcielono wówczas do kolegium dwie szkółki parafialne, a uczniów i nauczycieli oddano pod władzę rektora i pref. szkół. W 1584 otwarto klasy gramatyki i syntaksy, w 1585 klasy poetyki, a nieco później klasy retoryki. Przejściowo (1591-92, 1660-61) istniała tu również retoryka dla kleryków jezuickich. Teol. moralną (kazuistykę) wprowadzono w 1593 (istniała 1593-97, 1658-59), katedrę teol. dogmatycznej fundował archidiakon kaliski ks. Jan Gałczyński w 1598, a trzyletni kurs filoz. i matematyki wprowadzono w l. 1597-99 (istniał do 1773). W początkach XVII w. na wysokim poziomie stały obserwacje astronomiczne i nauka matematyki. W 1650 kolegium otrzymało zapis 10-000 złp na drugiego prof. teol. moralnej i drugiego prof. teol. polemicznej. Wielki czteroletni kurs teol. i prawa kanonicznego powstał dopiero w 1731 z fundacji m. in. Marcjana Czapskiego. Liczba uczniów wynosiła w 1585-250, w 1599 600 (oprócz 200 w szkołach przygotowawczych), przed kasatą ok. 800.
Szkoły kaliskie ukończyli m. in.: prymas Maciej Łubieński, bp Stanisław Łubieński, bp Marcin Szyszkowski, bp Jan Leszczyński, prymas Jan Wężyk, bp Andrzej Trzebicki, prymas Andrzej Olszowski, prymas Władysław Aleksander Łubieński i kard. Jan Al. Lipski.
W chwili kasaty zakonu szkoły były w pełnym rozkwicie, liczyły 12 profesorów i ok. 800 uczniów. Po kasacie zakonu przeszły pod zarząd KEN. Nauczało w nich 17 byłych jezuitów. Początkowo szkoły mieściły się w pałacu arcybiskupim przy Rynku, od 1591 we frontowej części kolegium. Gmach szkolny wzniesiono po południowej stronie kościoła w l. 1599-1603 i 1615-80. Po kasacie zakonu gmach szkolny i bursę ubogich oddano w 1783 na nowicjat i szpital dla bonifratrów, ale rząd pruski wydalił w 1794 bonifratrów, a budynki przerobił na szkołę korpusu kadetów otwartą w 1795.
Konwikt Karnkowskiego (Convictus Carncovianus) od 1599 do 1773. Otwarty dla 12 uczniów ubogiej szlachty, zamieniony potem na obszerny konwikt mieszczący się w kamienicy przy Rynku i ul. Piekarskiej. W 1596 Karnkowski wystawił dokument fundacyjny, którym zapisał wieś Marchwacz i 50-000 złp na dobrach kapitulnych klucza niestrońskiego z rocznym procentem 2000 złp. Konwikt przewidziany był na 60 uczniów ubogich, w dwóch trzecich szlachty, włączając w tę liczbę kleryków Sem. Diec. W rzeczywistości konwikt był skromniejszy, oprócz kleryków bywało tu zawsze ok. 10 konwiktorów. W 1638 ks. Łukasz Trzeski wybudował dla konwiktorów domową kaplicę Niepokalanego Poczęcia NMP. W XVIII w. konwikt przybrał nazwę i strukturę Kolegium szlacheckiego (Collegium nobilium). Konwikt miał zawsze osobnego prefekta. Po kasacie konwikt prowadzono do 1779 i zarządzała nim kapituła.
Konwikt im. Czyżewskich fundowany w 1640 przez ks. Balcera Czyżewskiego dla ubogich synów z rodziny Czyżewskich. Posiadał zapis domu drewnianego i 9800 złp. Przetrwał do 1792, choć od chwili kasaty w 1773 nie płacono regularnie przewidzianych procentów.
Kapela szkolna występowała już w 1590 podczas mszy św. Bursa została otwarta w 1606 z fundacji Sary Taleskiej, która ofiarowała na ten cel dom i 2000 złp. Jezuici zbudowali w 1681 drewnianą piętrową bursę przyległą do kolegium przy rogu ul. Łaziennej. W bursie istniały też miejsca stypendialne od proboszczów i prałatów. W 1675 wydano na musicos 88 złp. W 1693 bursa posiadała kapitał 2300 złp, od którego pobierała rocznie 182 złp. W 1762 Hieronim Poniński, koniuszy koronny, zapisał 7000 złp na wsi Kamieniec, a Maksymilian Molski, kasztelan rogoziński, 5000 złp pod warunkiem, by bursiści przy odgłosie kapeli w środy i piątki Litanię Loretańską, a w piątki również Stabat Mater śpiewali. Prefektem bursy muzycznej był m. in. znany muzyk i kompozytor Jacek Szczurowski 1737-39 i 1761-65.
Teatr szkolny czynny był od chwili otwarcia szkół w 1584 aż do kasaty zakonu, zarówno w obrębie szkoły, jak i dla publiczności z miasta. Wystawiano dialogi, mowy i dramaty z okazji uroczystości szkolnych, kościelnych i państwowych. Znany nam jest zaledwie jeden kodeks dramatów kaliskich z l. 1711-26 (BJ 182).
Biblioteka bardzo cenna powstała w oparciu o kilkakrotne darowizny arcybiskupa Stanisława Karnkowskiego, który w 1584 ofiarował książki filoz. i teol. do Poznania, a pozostałe do Kalisza w 1585. Księgozbiór ten otrzymał specjalne oznakowanie w postaci stempli i ekslibrisów. W 1598 przekazał Karnkowski zbiór dzieł matematycznych, a w 1602 lub 1603 pozostałe książki przechowywane dotychczas w Łowiczu. W 1636 duży księgozbiór prawniczy przekazał do biblioteki kaliskiej Andrzej Lisiecki, instygator koronny. Książki zaopatrzono w osobny ekslibris. Swoje zbiory przekazali też Prokop Brudecki, proboszcz sobocki, oraz Andrzej Sobierajski, bibliopola kaliski. W 1650 wydano na bibliotekę 490 złp. Biblioteka ucierpiała w czasie wojen szwedzkich oraz późniejszego zastoju umysłowego. Nie miała też stałego uposażenia, dopiero w 1705 Molska z domu Czarniecka ofiarowała na jej cel 10-000 złp i tyle samo w 1749 przekazał kasztelan Mączyński. W 1746 swoje zbiory przekazał Franciszek Chęcki, sekretarz Augusta III; oznaczono je specjalnym ekslibrisem. Lelewel zaznaczył, że biblioteka posiadała komplet ustaw synodalnych w Polsce. Biblioteka nie posiadała artystycznego wyposażenia. Liczyła w chwili kasaty ok. 10-000 książek. Po kasacie została rozproszona, a wiele książek dostało się do Bibl. Uniw. w Warszawie.
Drukarnia Jana Wolraba II (1603-5) i Wojciecha Gedeliusza (1605-32), który drukował głównie na potrzeby jezuickich kolegiów, przeszła po śmierci właścicieli pod zarząd jezuitów. Umieszczona była w tylnym skrzydle budynku szkolnego, uformowanego w kształcie klamry. Po okresie zastoju dopiero w 1665 akcja wydawnicza przybrała na sile, a wzmogła się jeszcze po 1680. Przywilej królewski uzyskała w 1697. Z polecenia prowincjała Tomasza Dunina z 1744 tłoczyła podręczniki dla szkół jezuickich Wielkopolski i Prus. W 1675 dochód z drukarni wyniósł 653 złp, a książki wydrukowane oceniono na 13-000 złp. W 1690 drukarnia była winna kolegium 2531 złp. Urządzenia i zasób techniczny pochodził z drukarni Gedeliusza. Uzupełniali go jezuici przez zakupy i produkcję na miejscu. Br. Andrzej Majchrowicz (Rudnicki) 1681-82 i Eliasz Zeydel 1682-83 odlewali na miejscu antykwę i kursywę. Nowe czcionki sprowadził w l. 1744-47 rektor Andrzej Przanowski. Łącznie wydano w Kaliszu ponad 1000 druków głównie religijnych (ok. 65%), podręczniki i słowniki (25%) i dzieła świeckie (9%). Ponad 50% stanowiły dzieła w języku łacińskim. Wydano tu prace leksykograficzne Grzegorza Knapiusza, teologiczne Teofila Rutki oraz historyczne Samuela Twardowskiego i Jana Kwiatkiewicza. Przy drukarni działała introligatornia. Wybitnym introligatorem był m. in. Wojciech Skiernievius 1610-13 i Jan Lischke 1741-48. Po kasacie zakonu drukarnię przejęła KEN i w 1774 wydzierżawiła byłemu jezuicie Wiktorowi Wargawskiemu, który prowadził ją do 1781.
Drukarnią kierowali prefekci: Mikołaj Skąpski 1686-88, Andrzej Temberski 1688-89, Jan Tyberski 1689-91, Daniel Hermann 1719-21, Franciszek Schäffer 1721-27, Jerzy Wentzel 1727-33, Andrzej Wyrzykowski 1738-42, Aleksander Czachorowski 1742-43, Walenty Kierski 1743-44 i 1745-46, Józef Cerbs 1744-45, Franciszek Malina 1746-47, Andrzej Przanowski 1747-51, Stanisław Krzyżanowski 1751-57, Andrzej Domżalski 1757-58, 1763-69 i 1770-73, Mikołaj Antoniewicz 1758-63 i Jerzy Dewin 1769-70.
Pomocnikami prefektów i drukarzami byli m. in.: Piotr Clarus 1641-43, Walenty Śliwiński 1743-45, Wacław Czech 1746-48, Jerzy Łapiński 1759-62, Jan Różański 1762-65, Jan Markiewicz 1765-73. W drukarni pracowali również świeccy, m. in.: Wacław Ludwik Rosenberger 1636, Andrzej Flawiusz Pinger 1636-39, Wojciech Młodujewicz 1651, Andrzej Chojniewicz 1652, Szymon Racianka 1655, Jakub Bek przed 1684.
Apteka czynna od ok. 1615. Pierwszym wybitnym infirmarzem był Wojciech Skiernievius 1606-15. W 1651 apteka nie posiadała stałego uposażenia, a jej wyposażenie i zaopatrzenie oceniono na 3000 złp. W 1675 dała 329 złp rocznego dochodu. W 1682 urządzono ją na parterze kolegium po opuszczonych klasach retoryki i logiki.
Aptekarzami byli m. in.: Andrzej Świeradowicz 1617-18, Bartłomiej Calisiensis 1619-20, Szymon Zatoriensis 1620-24, Paweł Jackowski 1626-29, Jan Okuncius 1629-30, Błażej Czytowicz 1631-37, Maciej Szczepanowski 1641-44, Maciej Borycki 1645-55, Paweł Poryszkowicz 1658-60, Grzegorz Bobrowski 1660-67, Krzysztof Wojtelski 1667-73, Piotr Ryneburger 1674-75, Jan Polański 1675-76, Wawrzyniec Kuźniarowicz 1676-77, Maciej Kastmacher 1678-89, Pantaleon Dąbrowski 1689-91 i 1693-1702, Jan Majerowski 1692-93, Andrzej Kowalski 1702-7, Marcin Pniewski 1707-9, Jan Szczepankiewicz 1709-10, Stanisław Borkowicz 1710-12, Dominik Sitkiewicz 1712-13, Franciszek Magoniewicz 1713-14, Marcin Kamiński 1714-15, Andrzej Szczepankiewicz 1717-25, Stanisław Borkowicz 1725-28, Wojciech Osmański 1728-33, Franciszek Luberski 1734-35 i 1757-58, Stanisław Targiewicz 1735-37, Wojciech Smętkiewicz 1737-43, Mikołaj Drozdowski 1743-45, 1749-53 i 1765-69, Ksawery Pinkowski 1745-48, Teodor Illasewicz 1748-49, Jan Kotyschek 1753-55, Paweł Lenkiewicz 1756-57, Jan Wittig 1758-59 i 1761-65, Antoni Bruchman 1759-61, Franciszek Remisch 1764-65 i Michał Moskalski 1769-74.
Seminarium Diec. od 1593 do 1621. Prymas Stanisław Karnkowski po ingresie w 1583 na stolicę metropolitalną wpłynął na kapitułę, która 30 IV 1583 wydała przywilej fundacyjny Seminarium Duch. dla archidiec. gnieźnieńskiej. W tym celu zostały zapisane cztery wioski z dóbr arcybiskupich: Sławno, Kokanin, Liskowo i Zychowo. Początkowo Seminarium planowano przy kolegium w Poznaniu, stąd majątki te należały do tegoż kolegium. Dopiero w 1586 zdecydowano o otwarciu Seminarium w Kaliszu, stąd cztery wioski przeszły na rzecz tegoż kolegium. Karnkowski zakupił dla Seminarium obszerny dom sąsiadujący z kolegium. Otwarto je jednak dopiero 29 III 1593. Jego uposażenie miały teraz stanowić trzy wioski: Mazewo, Romartowo i Łęka. Mieściło się w zakupionym przez Karnkowskiego domu dla grupy młodych zakonników niejezuitów, bursy dla ubogiej młodzieży i konwiktu dla bogatej szlachty. Nad całością stał prefekt Seminarium. Na czele Seminarium stał arcybiskup i prowizorzy wybierani przez kapitułę. Kierował nim rektor kolegium przez prefekta. Kleryków miało być dwunastu. Studiowali oni przeważnie po ukończeniu retoryki dialektykę, a następnie przedmioty teol. potrzebne do pracy duszpasterskiej, a więc teol. polemiczną, teol. moralną, Pismo św. oraz Katechizm rzymski. Równocześnie kontynuowano nauczanie praktyczne związane z funkcjami kapłańskimi: śpiew kościelny, kalendarz kościelny i ceremonie. W 1621 Seminarium z polecenia kapituły zostało zamknięte, a 7 kleryków przeniesiono do Gniezna. Seminarium kaliskie ukończyło w l. 1592-1620-55 księży, wśród nich zasłużeni dla archidiec. gnieźnieńskiej ks. Piotr Odorovius i Jakub Dubius.
Seminarium kierowali prefekci: Zygmunt Brodowski 1593-1602, Zachariasz Rothus 1602-4, Mateusz Galmin 1605-6, Jan Secemski 1607-8, Florian Gardliński 1608-9, Wojciech Fabrycy 1611-12, Mateusz Warszaviensis 1612-13, Jakub Korytowski 1613-14, Melchior Krasowski 1614-17 i Stanisław Chodakowski 1618-21.
Po II wojnie światowej jezuici pracowali przy dawnym kościele jezuickim, a obecnie garnizonowym. Przejściowo nawet zarządzali kościołem, ale w początkach 1948 przekazali klucze kapelanowi wojskowemu. Odprawiali jednak przez jakiś czas msze dla wojskowych.
Rektorzy: Kasper Sawicki (wicerektor) 1584-86, Piotr Fabrycy Kowalski (wicerektor) 1586-87, Jan Leopolita Wąchalski (do 1591 wicerektor) 1587-93, Kasper Moraris 1593-99, Michał Ortiz 1602-5, Piotr Fabrycy 1605-8, Jan Wielewicki (wicerektor) 1607-8, Marcin Śmiglecki 1608-9, Jakub Korytowski 1609-13, Jerzy Tyszkiewicz 1613-16, Wojciech Czerniakowski 1613-14, Jerzy Tyszkiewicz 1614-15, Stanisław Kryski 1615 zm. 16 IV 1617, Mikołaj Łęczycki 1617-21, Stanisław Radzimski (wicerektor) 1621-22, Andrzej Gutteter 1622-27, Jakub Pawłowski 1627-28, Andrzej Wąchocius (wicerektor) 1628-29, Jakub Golemowski 1629-32, Maciej Szamaszewski 1632-33, Kasper Drużbicki 1633-34, Maciej Szamoszewski 1634-35, Zygmunt Grot 1636-41, Jakub Lichański 1641-44, Marcin Łubieński 1644-46, Franciszek Czarniecki 1646-47, Piotr Starczewski 1647-50, Aleksander Zawadzki 1650-53, Piotr Starczewski 1653-57, Zygmunt Zaranek 1657-61, Andrzej Dąbrowski 1661-63, Tomasz Dore 1663-69, Stanisław Gałczyński 1669-72, Stefan Malisz 1672-75, Tomasz Thill 1675-78, Tomasz Dore 1678-84, Stanisław Bielski 1684-88, Jan Kraszewski 1688-92, Tobiasz Jasłowski 1692-95, Rafał Taczanowski 1695-98, Marcin Rakowski 1698-1702, Andrzej Nagórski 1702-3, Stefan Sczaniecki 1703-6, Reinhold Gert 1706-10, Stefan Sczaniecki 1710-13, Marcin Ługowski 1713-16, Ludwik Pierzchliński 1716-20, Stanisław Lisowski 1720-23, Andrzej Ożga 1723-24, Michał Obremski 1724-27, Gotfryd Hannenberg 1727-30, Adam Łotyński 1730-33, Józef Tuchołka 1733-37, Tomasz Dunin 1737-41, Jan Gzowski 1741-44, Maciej Przanowski 1744-47, Jan Kanty Bielicki 1747-50, Andrzej Dąbrowski 1750-54, Tomasz Dunin 1754-56, Józef Wygonowski 1756-60, Paweł Loka 1760-61, Władysław Wietrzyński 1761-64, Paweł Loka 1764-66, Antoni Bogusławski 1766-69, Józef Sczaniecki 1769-72 i Antoni Lutomski 1772-73.
Ref. K. Bielska, Drukarstwo kaliskie, jego dzieje i dorobek do upadku Rzeczypospolitej. Rocz. Bibl. 6 (1962) z. 3-4 s. 41-77; Taż, Bibliografia starych druków kaliskich do końca XVIII w. Wwa 1980; C. Biernacki, Jezuici w Kaliszu (1581-1773). Bibl. Warsz. 1857 t. 1 s. 465-491, t. 2 s. 750-762, t. 4 s. 408-440; S. Chodyński, Seminarium włocławskie. Wł 1904 s. 382-387; Darowski, Filozofia s. 343-350; Drukarze III cz. 1 s. 98-104; Katalog druków kaliskich 1603-1914. Kal 1928; Katalog zabytków V 6 s. 31-35; J. Kazimierowski, Kalisz, miejsce pierwszych w Polsce obserwacji astronom. przy użyciu lunet. Urania 39 (1968) 141-145; E. Kręglewska Foksowicz (i in.), Sztuka baroku w Wielkopolsce. BHS 20 (1958) 49-101; W. Kwiatkowski, Teatr szkolny kolegium jezuitów w Kaliszu. Kal 1936; S. Librowski, Dekret Soboru Trydenckiego o seminariach i pierwsze seminaria diecezjalne w Polsce. Aten. Kapł. 72 (1969) 204-236; J. Neuls, Szkoły Kalisza w XII XVIII w. . Rocz. Kal. 4 (1971) 23-58; J. Neuls Korniszewska, Szkoły jezuickie w Kaliszu. W: Dzieje Kalisza. Pz 1977 s. 220-228; Taż, Wpływ Komisji Edukacji Narodowej na rozwój szkolnictwa w Kaliszu. Rocz. Kal. 5 (1972) 9-44; J. Okoń, Autorzy tekstów dramatycznych w rękopisie 182 Biblioteki Jagiellońskiej. Biul. Bibl. Jagiell. 21 (1971) 105-133; J. Paszenda, Fundacja prymasa Karnkowskiego dla jezuitów w Kaliszu. KAU 29 (1984) z. 3 s. 297-316; L. Piechnik, Jezuici a Seminarium Diecezjalne w Kaliszu (1593-1620). Nasza Przeszł. 20 (1964) 113-147; Poplatek, KEN s. 114-126; T. Przypkowski, Astronomia w Kaliszu. W: Osiemnaście wieków Kalisza. Kal 1960 t. 1 s. 156-206; Załęski, Jezuici IV 378-423; ARSI Pol 71 f. 29-123 (Fundatio coll.), Pol 75 f. 4-9 (Narratio de fundatione).